Il nous vient de l'Empire Mandingue (Afrique de l'Ouest), mis en place par Sundjata Keïta au XIIIe siècle, qui s'étendait de la Guinée à l'est du Mali, et au nord de la Côte d'Ivoire en passant par le Burkina Faso.
Il est joué, à l'origine, à pleines mains pour accompagner des faits sociaux très précis tels que les mariages, baptêmes, circoncisions, récoltes, etc. Ceci avec des rythmes particuliers et propres à chaque occasion et chaque groupe ethnique.
Le djembé fait partie d'un ensemble polyrythmique, et ne s'entend que très rarement seul, voire jamais. Les membres de cet instrumentarium sont le Doundounba, le Sangban, le Kenkeni, plusieurs djembés d'accompagnements et un djembé soliste (en général). De plus, il est indissociable de la danse dont les phrases du soliste marquent les temps.